La Fondation Tolstoï a fait l'acquisition, en 1958, de l'Hermitage-Hôtel pour héberger plus de 150 immigrés russes, venus principalement du sud-est asiatique Manchourie. L'église orthodoxe a été édifiée en 1961, d'après les plans de l'architecte Nicolas Tzwetkoff, et aux dons de la communauté russe.
L'église a été édifiée dans le parc de l'Hermitage devenu maison de retraite, pour permettre aux résidents d'avoir un lieu de culte. Elle a été consacrée le 11 novembre 1961 par Mgr Méthode. L'Association cultuelle orthodoxe de Saint-Raphaël l'Archange a été créée en 1987 et a pris le bail de cette chapelle devenue église paroissiale.